Hauptorgel
Die Hauptorgel des Würzburger Domes wurde 1968 von der Firma Klais erbaut. Sie enthält 87 Register auf fünf Manualen.
Man kann dieses Instrument als einen Höhepunkt der deutschen Orgelneubauten der 1960er Jahre betrachten. Die klangliche Ästhetik dieser Orgel basiert auf dem Versuch, verschiedene Stile des europäischen Orgelbaus mit eigenen, neuen Ideen zu einem insgesamt zeitgenössischen Stil zu verbinden.
So findet man sowohl Einflüsse aus dem deutschen Barock als auch Register französischer und spanischer Bauart und ganz neue, einzigartige Registermischungen, die der Orgel eine außergewöhnliche Palette an Klangfarben verleihen und ein stilistisch vielseitiges Spielen ermöglichen.
Hinzu kommt der einmalige Prospekt, der die Uhr von 1574 und die barocke Stuckrahmung von 1701 mit der Darstellung von Zeit und Ewigkeit einschließt.
Querhausorgel
Ebenfalls aus dem Jahr 1968 existiert eine Querhausorgel von Klais. Sie weist seit der Renovierung beider Instrumente im Jahr 2012 22 Register auf und erhielt einen neuen, zentralen Spieltisch, der das gemeinsame Spielen der Domorgeln erlaubt und ungewöhnliche Funktionen beinhaltet, wie etwa die Möglichkeit das Pedal geteilt zu spielen und Tasten zu „fesseln“ sowie ein Replay-System, das es dem Spieler ermöglicht, Registrierungen von der Position des Zuhörers zu kontrollieren.
Sepultur
In der Sepultur befindet sich eine historische Seufert-Orgel von 1740 mit 11 Registern auf einem Manual.
Großer Probesaal
Im Zuge der Renovierung der Probesäle der Dommusik wurde 2009 eine Orgel der Firma Göckler (II, 8) im großen Probesaal gebaut.